Ensamble y Anotación de Genomas y Metagenomas
El Nodo Nacional de Bioinformática del Centro de Ciencias Genómicas (NNB-CCG), con el apoyo de la Unidad de Análisis Bioinformáticos (UAB-CCG) y la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) organizan el taller:
Ensamble y Anotación de Genomas y Metagenomas
Código: ENSAMBLE
Duración: 40 horas
Nivel: intermedio
Idioma: español
Fecha: del 22 al 26 de noviembre de 2021
Horario: lunes a jueves 9:00 -17:00, viernes 9:00-14:00
Modalidad: en línea
Este evento tiene como objetivo capacitar, a través de talleres en
bioinformática, a investigadores, técnicos, estudiantes, e interesados
en el área; de tal forma que impulse los proyectos de investigación
relacionados con las Ciencias Genómicas en México y América Latina.
El taller presenta las tecnologías de NGS y las metodologías para el ensamblado de genomas y metagenomas, de novo, así como su anotación. Así mismo, se abordará la clasificación taxonómica de lecturas y contigs de origen metagenómico (no se considera análisis de datos de 16S).
¿Qué aprenderás?
Al final del curso los participantes:
- Tendrán conocimientos teóricos sobre las principales tecnologías de secuenciación de DNA.
- Adquirirán conocimientos teóricos y prácticos sobre:
- las metodologías para realizar análisis de calidad y de limpieza de lecturas de secuenciación (archivos fastq),
- el ensamble y anotación de genomas y metagenomas,
- análisis de clasificación taxonómica de lecturas y contigs (regiones genómicas ensambladas) de origen metagenómico (no se considera análisis de datos de 16S).
Pre-requisitos*
Es indispensable cumplir con los requisitos de conocimientos previos que se listan a continuación:
- Unix a nivel intermedio. Todas las demostraciones de software se harán en este sistema operativo.
Los participantes necesitan tener conocimientos de nivel intermedio en la línea de comandos de UNIX/Linux, entre los cuales se encuentran los comandos de manejo de archivos y directorios (rm, mkdir, cd, ln, less, cut, sort, uniq, etc), formateo de datos (awk o perl command line, sed). - Estadística básica.
Se requieren conocimientos básicos de estadística (conceptos básicos: media, mediana, desviación estándar, distribuciones estadísticas, pruebas de hipótesis, logaritmos).
Requisitos técnicos
- El alumno deberá usar su computadora personal. Ésta deberá tener instalado MobaXterm (Windows), o alguna otra herramienta que nos permita realizar conexión SSH al servidor.
- Aplicación Zoom instalada en la computadora que será utilizada durante el curso. Se puede descargar de la página de descargas del cliente de reuniones Zoom (requisitos del sistema).
- Conexión a Internet
* Al inscribirte al taller está bajo tu responsabilidad contar con los conocimientos previos requeridos.
