Exploración interactiva de datos: plotly e iSEE
Datos generales
Código: plotly-iSEE
Duración: 2 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español e Inglés
Fecha: 14 de mayo de 2021
Horario: 16:00 a 18:00 (Centro de México)
Modalidad: Online
Duración: 2 horas
Nivel: Intermedio
Idioma: Español e Inglés
Fecha: 14 de mayo de 2021
Horario: 16:00 a 18:00 (Centro de México)
Modalidad: Online
Descripción
Este mini curso va dirigido a personas que han usado R para generar gráficas con paquetes para visualización como ggplot2 (https://cran.r-project.org/web/packages/ggplot2/index.html). ggplot2 es una excelente herramienta de visualización para cualquier tipo de datos; sin embargo, ggplot2 genera gráficas estáticas que no permiten explorar de forma interactiva los datos una vez que ya está generada la imagen. Por lo tanto, aprenderemos a usar plotly (https://cran.r-project.org/package=plotly) para convertir las gráficas estáticas generadas por ggplot2 en gráficas interactivas, y de los beneficios que estas visualizaciones proveen. Además, en este mini curso aprenderemos a visualizar de forma interactiva datos de RNA-seq y scRNA-seq con el paquete de Bioconductor iSEE (https://bioconductor.org/packages/iSEE), de tal forma que aprenderemos a generar páginas web interactivas para datos de secuenciación masiva, que es una herramienta de gran utilidad para realizar análisis exploratorios. Usaremos los paquetes de Bioconductor scRNAseq (https://bioconductor.org/packages/scRNAseq) y recount3 (https://bioconductor.org/packages/recount3) para descargar datos públicos que exploraremos con iSEE.
Pre-requisitos:
- Computadora con al menos 8 GB de memoria RAM.
- R versión 4.0 instalada de CRAN (https://cran.r-project.org/) (ver video de https://youtu.be/6knyHlUe1cM sobre cómo instalar R en macOS o winOS).
- RStudio versión 1.4 (https://www.rstudio.com/products/rstudio/download/#download)
- Instalar los siguientes paquetes de R:
- Aplicación Zoom
- Leer y atender el Código de Conducta (https://comunidadbioinfo.github.io/codigo-de-conducta/)\
if (!requireNamespace(“remotes”, quietly = TRUE)) {
install.packages(“remotes”)
}
## Sección plotly
remotes::install_cran(“palmerpenguins”)
remotes::install_cran(“ggplot2”)
remotes::install_cran(“plotly”)
install.packages(“remotes”)
}
## Sección plotly
remotes::install_cran(“palmerpenguins”)
remotes::install_cran(“ggplot2”)
remotes::install_cran(“plotly”)
## Sección iSEE
remotes::install_cran(“BiocManager”)
BiocManager::version)()
# El anterior comando debe mostrar que estás usando la versión 3.12
BiocManager::install(“iSEE”)
BiocManager::install(“scRNAseq”)
BiocManager::install(“scater”)
BiocManager::install(“Rtsne”)
BiocManager::install(“recount3”)
BiocManager::version)()
# El anterior comando debe mostrar que estás usando la versión 3.12
BiocManager::install(“iSEE”)
BiocManager::install(“scRNAseq”)
BiocManager::install(“scater”)
BiocManager::install(“Rtsne”)
BiocManager::install(“recount3”)
Para quién va dirigido este mini curso:
El curso está dirigido a todos los miembros de la comunidad de la RMB que quieran conocer la librería ggplot2.
Detalles del evento:
- El evento será gratuito y exclusivo para miembros de la RMB.
- Las instrucciones de acceso serán enviadas un día antes del evento.
Actividades:
- 15:45 am a 16:00 pm: Conéctate a Zoom y configura tu micrófono
- 16:00 pm a 16:05 pm: Introducción de parte de la Red Mexicana de Bioinformática
- 16:05 pm a 16:15 pm: Código de conducta y cómo usar la plataforma de Zoom
- 16:15 pm a 18:00 pm: Actividad del curso
Organizadores:
- Red Mexicana de Bioinformática (RMB)
- Nodo Nacional de Bioinformática (NNB-CCG)
- Comunidad de Desarrolladores de Software en Bioinformática (CDSB)
Formulario de registro:
Reseña de los instructores
Dr. Michael Jeziorski
Michael es Técnico académico en el Instituto de Neurobiología, UNAM campus Juriquilla. Trabaja en la Unidad de Proteómica desarrollando proyectos bioinformáticos y ha sido director de tesis de diversos trabajos de maestría enfocados en la fisiología de la hipófisis.
Dr. Leonardo Collado-Torres
Institución: Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD en inglés).
Área de estudio: Ciencia de Datos Genómica.
Página web en español: http://lcolladotor.github.io/es/
Twitter: https://twitter.com/lcolladotor
Bio corta: Leonardo es Investigador en el Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD), es miembro co-fundador del club de R de LIBD, de la CDSB en México, y es miembro de la Junta Directiva de la Comunidad de Bioconductor y de la Junta de Asesores para Software Estadístico de rOpenSci. Ha dado cursos para usar R desde 2008 y comparte material en su blog y en YouTube sobre R y Bioconductor.
Área de estudio: Ciencia de Datos Genómica.
Página web en español: http://lcolladotor.github.io/es/
Twitter: https://twitter.com/lcolladotor
Bio corta: Leonardo es Investigador en el Instituto Lieber para el Desarrollo del Cerebro (LIBD), es miembro co-fundador del club de R de LIBD, de la CDSB en México, y es miembro de la Junta Directiva de la Comunidad de Bioconductor y de la Junta de Asesores para Software Estadístico de rOpenSci. Ha dado cursos para usar R desde 2008 y comparte material en su blog y en YouTube sobre R y Bioconductor.
This event was funded in full by a grant from Code for Science &
Society, made possible by grant number GBMF8449 from the Gordon and
Betty Moore Foundation (https://doi.org/10.37807/GBMF8449)
